“四清”、“文革”中，吴尚贤历经磨难，深受政治运动的迫害。他欲干不能，欲罢不忍，凭着一个水利专家的良知和老一辈知识分子特有的执着，将自己的水利工作经历和经验认真地作了一次回忆和总结。１９６５年，他撰写了《卅年水利远景设想》；１９７１年，又撰写了《近期发展与长远设想》。这是在非常年代里非常人生场景下一份特殊的宁夏水利远景规划！它也是一个知识分子赤子之心的真情记录。在《卅年水利远景设想》中，他设想１９９５年引黄灌区的面积将扩大一倍，山区基本上摆脱干旱的威胁，水土流失严重的地区将得到全面治理……

   “文革”结束，吴尚贤恢复了职务，他急不可耐地提笔给有关领导写了《宁夏水利的当务之急》。他在文中提出了宁夏水利急需解决的七个问题：银北盐碱低产田的改造治理问题，引黄灌区引水量偏大的问题，兴建沙坡头低坝的问题，河西大干渠部分渠段的裁并问题，河西灌区的条块结合问题，宁南山区增加必要的水利设施问题，全面规划、探讨全区水土资源合理开发利用的问题。

    年届花甲的吴尚贤主动请缨，到银北地区去改土治碱。他带领三名年青的水利技术人员，在银北的沟沿、洼地上奔波了３个多月。经过现场调查，掌握了银北地区灌排水状况和盐碱化程度的各种数据，提出在自流排水不畅的地方，采用短沟小站的电排和井渠结合的井排井灌措施，降低地下水位，防治盐碱危害，缓解灌水高峰时渠水不足之急。他的意见得到了自治区党委和政府的肯定。自治区成立了银北治碱改土工程指挥部，由吴尚贤担任副总指挥，全权负责治碱改土工程。从１９７８年到１９７９年两年中，在银北打井６０００眼，建短沟小站排水２００处，复活电排站９６座，清淤排水沟１９０多公里，修建滞洪区７个，根治了银北地区因盐碱而造成的小麦黄苗坐苗现象。

    １９７９年１０月，吴尚贤被任命为自治区水利局副局长、副总工程师。他上任后的第一件事，就是解决黄河永宁县东升段的塌岸问题。这段黄河从１９７６年以来不断向西塌岸，形成了６．４公里的急弯。虽然采用码头防护的办法，却屡修屡坏。已耗资３００多万元，仍塌岸不止，已毁地６８７５亩（其中农田１４７５亩），塌毁民生渠３００米，并且危及惠农渠的安全。吴尚贤多次到现场察看险情，组织抢险，力主用人工裁弯的方法整治塌岸。从１９７９年冬到１９８０年春，在东升段黄河对岸挖了一条长２．４公里、宽５０米、平均深３．５米的引河，科学地利用水力的自然冲淘，当年就形成了新的顺直河道，消除了河患，使上下游一些河流弯道塌岸的情况得到了缓解。

    １９８２年６月，自治区水利局成立了宁夏水利志编纂委员会，吴尚贤任主任，主持修纂《宁夏水利志》。他说“我是宁夏人，专业又是水利，完成《宁夏水利志》是一代人的职责，正当勉力以赴。”他亲自挑选编写人员，组成编写班子，亲自参与志书篇目的拟定和志稿的修改，并且撰写了《宁夏水利志概述》。为了使《宁夏水利志》史料翔实，他将自己从事水利工作的６０多本日记和６０多份论文手稿提供给《宁夏水利志》使用。历时６年，《宁夏水利志》终于修成。志书出版后，荣获全国新编地方志优秀成果一等奖、自治区科技进步二等奖。看到《宁夏水利志》获得成功，吴尚贤感到由衷的高兴，他特为赋诗一首：“水利志稿六年成，现身说法亦劳形。沧桑兴衰难尽述，褒贬见于记实中。”

         １９８３年，吴尚贤当选自治区政协副主席。这一当选，便连任三届，整整工作了１５年。他利用政协工作的便利，极力为宁夏的水利鼓与呼。

    １９９２年，他组织有治河经验的离退休水利人员，采取现场调查的方式，历时一年半完成了黄河塌岸防治的课题研究，将宁夏段黄河划分为５段，对各段提出了具体的防治措施。并在永宁县东升四队黄河塌岸严重处试用木架附重四面体防护塌岸、挑顺流向取得成功，从而为防治塌岸找到一种费省效宏、易行可靠的办法。